Emil Nowakowski urodził się 15 maja 1974 r. w Lubinie. Jest wychowankiem Zagłębia Lubin. Reprezentował również Górnik Polkowice, Chrobrego Głogów, Górnik Wałbrzych, Śląsk Wrocław, Polonię Warszawa, Prochowiczankę Prochowice, BKS Bolesławiec, Konfeks Legnica i Victorię Parchów oraz zagraniczne kluby: Central Jersey Riptile, AS Matera Calcio, Olympiakos ASK Volou, MAS Pierikos Katerini, APO FostirasTavrou, FC Oberlausitz Neugersdorf. Po zawieszeniu butów na kołku zajął się pracą trenerską i związał się z Akademią Zagłębia Lubin.
Wychowanek klubu i drużyny juniorskie Zagłębia Lubin
Tak powstanie drużyny rocznika 1974 wspominał Krzysztof Palczewski ” Nie Pamiętam kiedy dokładnie utworzono moją grupę w moim roczniku, ale ponownie trafiłem pod opiekę trenera Malawskiego. To był czas, gdy w Lubinie rozgrywano Mini Mundial. Ze szkoły nr 10 przyszedł Jarek Pokora i Mariusz Bończak, szkołę nr 11 reprezentowali Arek Skowron i Radek Kałużny. Bardzo mocna była szkoła nr 5, która jeśli dobrze pamiętam, dotarła do finału tych rozgrywek i tam grali Paweł Matijczak i Janusz Olejarczyk. My w szkole nr 1 nie mieliśmy mocnej drużyny. Ze szkoły nr 3 dołączył Waldek Romać, ze szkoły nr 7 Emil Nowakowski i Grzegorz Józiów, a z nr 8 był bramkarz Radek Soszyński. Tak mniej więcej powstała nasza drużyna rocznik 1974″.
W Niemczech w Plattenhardt koło Stuttgartu drużyny juniorskie Zagłębia Lubin rozegrały też dwa turnieje. Pierwszy raz na tym turnieju zajęliśmy trzecie miejsce, a kolejnym razem czwarte. W każdej drużynie były również indywidualności. Emil Nowakowski panował świetnie nad piłką, Jarek Pokora z Pawłem Matijczakiem dryblingiem i zwodami wyprowadzali niejednego w pole. – tak podsumowywał grę kolegów Krzysztof Palczewski.
W pierwszym meczu w Wałbrzychu był remis 0:0. Radek Kałużny grający wtedy już w pierwszej drużynie zagrał z nami. W rewanżu w Lubinie padł wynik 3:2. Po tej wygranej Zagłębie Lubin z Emilem Nowakowskim awansowało do Mistrzostw Polski juniorów.
Drużynę Zagłębia Lubin prowadził wtedy trener Bogusław Korczak. Zagłębie pojechało do Łodzi i miało w grupie Orła Łódź, Lecha Poznań i Zawiszę Bydgoszcz. Pierwszy mecz z Zawiszą przegrali 1:0. Z Lechem Poznań przegraliśmy 5:1. W ostatnim meczu z Orłem Łódź wygraliśmy, ale to Orzeł był premiowany awansem.
W czerwcu 1992 r. Emil Nowakowski wraz z kilkoma kolegami Krzysztofem Palczewskim, Arkiem Skowronem, Adamem Goliaszem i Jarkiem Pokorą trafił do pierwszej drużyny Zagłębia Lubin.
Gra w pierwszej drużynie Zagłębia Lubin
W sezonie 1992/1993 Emil Nowakowski w pierwszej drużynie rozegrał 26 spotkań i strzelił 2 bramki. Debiutował 8 sierpnia 1992 r. w meczu wyjazdowym z Jagiellonią Białystok, wygranym przez Zagłębie 2-1.
Jesienią 1993 r. rozegrał jeszcze 4 spotkania w Zagłębiu Lubin i przeniósł się do Górnika Polkowice.
Chrobry Głogów
Wiosną 1994 r. Emil Nowakowski trafia do drugoligowego Chrobrego Głogów. Rozgrywa 17 spotkań i strzela 4 bramki.
W kolejnych dwóch sezonach reprezentuje nadal Chrobrego. W sezonie 1994/1995 zaliczył 34 spotkania i strzelił 5 bramek, a sezon później 33 spotkania i 3 bramki.
Central Jersey Riptide i AS Matera Calcio
Jesienią 1996 r. wyjeżdża do USA i gra w drużynie Central Jersey Riptide przez cały sezon. Jesienią 1997 r. trafia do włoskiego czwartoligowca AS Matera Calcio.
Górnik Wałbrzych
Zimą 1998 r. wraca do kraju i rozpoczął treningi pod okiem Grzegorza Kowalskiego w wałbrzyskim Górniku. Zaczął niezbyt fortunnie, bo w spotkaniu z gdańską Polonią nie wykorzystał rzutu karnego, lecz później szalejąc po lewym skrzydle zjednał sobie sympatię kibiców.
W niektórych przypadkach zastępował Jacka Sorbiana w roli rozgrywającego. Piłkarz o żelaznych płucach i nienagannej technice. Takie komentarze słyszało się w Wałbrzychu na jego temat. Wiosną 1998 r. zdobył jedną bramkę i wypracował kolegom trzy kolejne. Po latach posuchy wałbrzyscy kibice mogli podziwiać w akcji naprawdę znakomitego grajka.
Po udanej rundzie oczywiście posypały się oferty, sam Emil był skłonny wyjechać do trzeciej ligi włoskiej, lecz za namową trenera Grzegorza Kowalskiego trafił za nim do wrocławskiego Śląska.
Śląsk Wrocław
Jesień 1998 r. spędził w Śląsku Wrocław i rozegrał 10 spotkań.
Powrót do Zagłębia Lubin
Wiosnę i jesień 1999 r. Emil Nowakowski spędza w Zagłębiu Lubin, gdzie wraca po kilku dobrych latach. Wiosną 1999 rozgrywa 11 spotkań, a jesienią kolejne 3 mecze. Powrót do Zagłębia nie układa się po jego myśli i zostaje namówiony na powrót do Śląska Wrocław, gdzie ma pomóc w powrocie do elity.
Powrót do Śląska Wrocław
Wiosną 2000 r. Emil Nowakowski rozgrywa 18 spotkań i strzela dwie bramki, czym wydatnie przyczynia się do awansu Śląska do pierwszej ligi.
Jesienią 2000 r. rozgrywa w pierwszej lidze 12 spotkań. Ponadto notuje 4 mecze w Pucharze Polski i jeden w Pucharze Ligi.
Górnik Polkowice
Wiosną 2001 r. trafia do mającego pierwszoligowe ambicje Górnika Polkowice, w którym gra do końca sezonu 2001/2002. Pod koniec gra rzadziej i rozgląda się za innym klubem. Miał oferty z Polaru Wrocław, ale transfer zablokowali działacze. Później spekulowano o grze we Włókniarzu Mirsk. Ostatecznie nie grał przez pół roku.
Polonia Warszawa
Ku zaskoczeniu wielu osób przechodzi testy w pierwszoligowej Polonii Warszawa i pomaga jej w utrzymaniu się w lidze. Wiosną 2003 r. rozgrywa 14 spotkań i strzela jedną bramkę. W sezonie 2003/2004 rozgrywa 9 spotkań. Jesienią 2004 r. gra w rezerwach Polonii. Rozegrał też mecz w Pucharze Intertoto z Tobołem Kostanaj, gdzie na wyjeździe Polonia uległa 2-1.
Greckie wojaże: Olympiakos ASK Volou, MAS Pierikos Katerini, APO FostirasTavrou
Od wiosny 2005 do końca sezonu 2006/2007 rozegrał 53 mecze i strzelił 2 bramki w Olympiakos ASK Volou. Następnie przeniósł się do MAS Pierikos Katerini, gdzie wiosną 2007 r. rozgrywa 14 spotkań i strzela 4 bramki. Nie posiadam niestety statystyk z jesieni 2007 r. Wiosną 2008 r. gra już w APO Fostiras Tavrou.
FC Oberlausitz Neugersdorf
W sezonie 2008/2009 reprezentuje już niemiecki FC Oberlausitz Neugersdorf. Jest to jego ostatni zagraniczny klub w karierze. Decyduje się na powrót do kraju i gra jeszcze w kilku klubach z niższych lig.
Polskie niższe ligi
Sezon 2009/2010 spędza w Prochowiczance Prochowice, która gra w IV lidze. Na koniec sezonu zajmuje z nią 6 miejsce.
Sezon później gra już w BKS-ie Bolesławiec, gdzie przenosi się razem z trenerem Marcinem Cilińskim. BKS również gra w IV lidze. Niestety sezonu 2010/2011 nie może zaliczyć do udanych, ponieważ klub spada z ligi, a losy utrzymania ważyły się do ostatniej kolejki.
Jesienią 2011 r. trafia do kolejnego czwartoligowca, Konfeksu Legnica, prowadzonego przez Wojciecha Górskiego. W klubie z Legnicy spędza tylko jedną rundę.
Karierę piłkarską kończy w Victorii Prochowice, gdzie gra w latach 2012-2014. Klub grający w A klasie z aspiracjami na awans.
Kariera Trenerska
W Akademii Zagłębia Lubin pracuje od 2013 r. Prowadził w dotychczasowej karierze drużyny od U-8 do U-15. Posiada licencję trenerską UEFA A.
W okresie czerwiec-grudzień 2022 r. pełnił funkcję asystenta trenera Piotra Stokowca w Zagłębiu Lubin.
Po tym okresie wrócił do pracy w Akademii Zagłębia Lubin i obecnie prowadzi drużynę U-12 Miedzianą.